[OC]CyTOF-Datenanalyse von R

Hallo zusammen,

Ich bin neu in R- und CyTOF-Datenanalyse und ich habe einige Fragen zum typischen Arbeitsablauf.

1. Qualitätskontrolle und Vorverarbeitung: Ich versuche, eine Forschungsarbeit zu lesen, um herauszufinden, was die allgemeinen Schritte sind. Trotzdem fühlt es sich kompliziert an. Was sind die Standardschritte vor Dimensionsreduzierung und Clustering? Gibt es wesentliche Kontrollen, die Sie immer durchführen?
2. Clustering: Wie entscheiden Sie sich für eine angemessene Anzahl von Clustern?
3. Anmerkung: Wie werden Cluster in der Praxis annotiert, wenn es viele davon gibt? Ist übermäßiges Clustering und anschließendes Zusammenführen von Clustern eine gängige Strategie?

** Ich nehme die FCS-Datei, die bereits von der Cytometry-Plattform bereinigt und bearbeitet wurde. Die von mir beigefügten Abbildungen sind individualisierte Markierungsbereiche für meine 41 Röhren. Normalerweise gibt es leere Kanäle. Aber ist es normal, MFI für leere Kanäle wie 208Pb, 138Ba zu sehen?

Jeder Rat oder empfohlene Ressourcen wäre sehr hilfreich. Danke!